polymer案例——系统的能量最小化和仿真

第一步是生成一个足够稳定的CG配置，以便开始模拟。将提供的min.mdp与刚刚创建的.top文件和之前转发映射的cg.gro一起使用：

gmx grompp -f ../min.mdp -p topol.top -c cg.gro -o min

您可能会收到一个警告，说明您的原子名称不匹配。只要你理解为什么会出现这种差异（你也理解，对吧？），这是可以忽略的。只需使用-maxwarn 1标志重新运行grompp命令，并使用以下命令最小化结构：

gmx mdrun-v-deffnm min-rdd 1.4

mdrun完成后，会将最小化的坐标输出到em.gro文件。注意选项-rdd 1.4，它告诉GROMACS当进行并行化时，要进一步搜索相邻单元格中的键合珠子。在你的模拟中可能不是必需的，而且使用这个选项会导致性能损失。然而, 如果需要这个选项而你忽略了，你会得到大量错误信息抱怨”missing interactions”。这时, 阅读em.mdp并查看Martini所需的选项是有益的。在这个特殊情况下，静电处理是不必要的，因为我们的体系中没有电荷。还要注意的是，Martini势函数的典型平滑性使得我们可以直接使用最陡下降最小化方法(.mdp文件中integrator=steep), 而不必担心体系被限制在离能量最小值太远的位置.

从这一点开始，准备MD运行以进行平衡：

gmx gromp -f/eq.mdp -p topol.top -c min.gro -o eq

你不应该得到有关原子名称的进一步警告，因为它们已经在em.gro中整理好了。但是，你可能被警告，时间步长对于一些键合势函数产生的预期频率来说太大了。如果这是你的第一次尝试，请降低出问题的力常数。如果在必须使用高的力常数来匹配键分布之后得到这些警告，那么可以通过使用约束来替换它们。如果减小了它们的时间常数，你也可能会得到恒温器和恒压器的不是弱耦合的警告。这些在Martini中通常是可以忽略的，虽然取决于你能证明压力和温度行为是足够好的。