polymer案例——映射

有了原子数据，现在是时候决定AA到CG的映射了。每个乙二醇残基由两个亚甲基和一个醚氧组成（在我们的目标数据中，它来自一个统一的原子拓扑结构，亚甲基分别由一个单独的颗粒表示）。一个合理的映射策略是将每个残基分配给一个CG珠。这导致了一个3比1的映射，比典型的Martini4比1略细。或者，可以将两个残基分配给单个珠粒，以进行6比1的映射。图2描述了PEG的不同可能的映射策略。注意，在第一个映射中，每个珠对应于O-C-C序列，末端分配变得不对称。考虑到聚合物的对称性质，这是不可取的。

本教程的其余部分使用图2中的第二种映射策略，其中每个珠子对应于一个C-O-C序列，在末端有两个较小但对称的C-O-H分配。随意遵循你的化学直觉，选择不同的映射；这将使它更具挑战性，也可能更有趣，因为您将不得不调整提供的更多工具和文件。