polymer案例——原子目标数据

我们从系统的目标原子轨道开始进行参数化。在下载的文件包中，你会发现AA目录包含200个PEG 9分子的熔体的100ns轨迹。这些数据是从自动拓扑生成器为GROMOS 54a7联合原子力场生成的PEG9拓扑中获得的；您可以在PEG9.itp下找到它（与ATB存储库中的.itp相比，命名和原子顺序略有修改，但势函数未修改）。请务必查看.itp文件，了解分子中原子的排序和命名。