新分子的参数化——优化CG成键参数

在步骤7中，可能会发生两件事：模拟完成，然后获得分布或模拟崩溃。

在第一种情况下，可以将分布与步骤6中获得的分布进行比较，并在调整itp中的参数后重复步骤7，以获得更好的分布。明智的做法是为每次尝试创建一个新的目录（例如take2、take3等）。分布峰比较宽，意味着你需要增大力常数；如果平均值整体有所偏移，意味着你需要做相应的回调；诸如此类等等。如果模拟崩溃，你也必须回去，现在的目标是使分子更稳定。这通常意味着降低力常数，去除不受约束的二面角或改变对键的约束，反之亦然。不稳定的一些常见来源是：

如果在4个原子上定义了一个（适当的）二面角，并且3个原子之间的角度非常宽（接近180度），这可能会导致剧烈的波动和碰撞。您可能需要移除二面角或使用特殊类型的二面角。

在环状结构中，珠子可能以三角形连接。如果在这些珠子之间使用约束，LINCS可能无法解决这些问题。

三个珠子，a、b和c，用短而弱的键线性连接，珠子b将被排除在a和c之外。如果a和c相互强烈磨损，a或c可能开始与b重叠。

重复上述步骤，直到你对结果感到满意，然后进入最后一步。

最后与实验的自由能进行比对。