参数校准/测试和验证

由于Martini基于对相互作用，因此很难找到简单的系统来进行参数校准，该系统覆盖了相互作用矩阵中所有珠子尺寸组合(对应于Martini 3中的对相互作用)中的足够点。因此，复杂系统不仅用于验证，而且也是校准的一部分。在Martini 2中，LJ参数的校准主要集中在单个珠子的油/水转移自由能上，对有限数量的溶剂进行了充分测试。这些溶剂是水、十六烷、氯仿、乙醚和辛醇。对于某些溶剂，还检查了界面张力和密度。Rq珠子的参数化主要是为了改善脂质双分子层的性能，并通过不同的结构性能进行了广泛的检查。脂质模拟也有助于微调相互作用矩阵中水平的选择。虽然随着新的生物分子拓扑参数化，进一步增加了一些额外的珠粒，但自2007年参数校准以来，大多数珠粒保持不变。

在Martini 3中，总体方法也不是基于对校准组和验证组的严格分离。然而，也有一些不同之处。首先，我们扩展了校准和验证目标。其次，将协议划分为“级”，这些层代表具有不同复杂程度的测试组。每次参数不能合理地再现高级层的参考数据时对映射选择、珠子类型和键合参数进行了综述。如果在探索了可能的选项之后，问题仍然存在，则该过程返回到第一层(称为“0”)，在这里返回交互矩阵和/或标签中的特定参数。在早期的迭代中，甚至产生了新的珠子化学类型和标签。这一迭代过程不断重复，直到在整个测试系统的模拟特性和目标数据之间达到令人满意的一致。

0级：用单珠、小分子和溶剂进行的测试。目标是让这些珠子遵循预期的趋势，并将简单的小分子模型与实验数据进行比较。因此，这一层主要用于LJ参数的标定。所进行的试验包括自由能的计算(溶剂化、水化、转移)和混相试验。在Q粒子的情况下，趋势与可用的实验渗透系数值进行了比较。

1级：在这个中间步骤中，进行双分子层和蛋白质的初始测试。因此，这些生物分子的Martini 3原型模型在这一层已经是必要的。此外，还包括包括其他重要应用程序在内的基准测试。大多数测试被设计成“是或否”的问题，以评估力场的整体质量。这些“质量控制测试”包括蛋白质和糖-糖相互作用的阴性和阳性控制，以及检查常见脂质类型的双层结构特性的再现性能。

2级：涉及复杂系统的定量测试，例如：毛囊、离子液体、三元脂质膜中的相共存、膜蛋白的二聚化PMFs等。通常在参数化工作流程的最后进行，包括与实验或原子模拟数据的定量比较。在这里，大多数测试都被认为是验证，但在交互矩阵和交互级别中仍然有一些改进。